Александр, А настроек в TMPGEnc и никаких не надо. Создаёшь меню 16:9 HD, разбиваешь на чаптеры и выводишь. Всё! Если правильно вывел из CS6, то перекодировки не будет. Перекодироваться будет только вновь созданное меню. Где-то 20 минут и всё готово.