Edit/Preferences/Media
Во первых в окне Project Setting bitrate должен быть установлен выше или равно чем на импортируемом файле, также импортируемый файл аудио должен соответствовать по формату настройкам проекта.
И самое главное, энкоре жестко привязан к установленным стандартам блурай и двд дисков и при малейшем отклонении от стандартов приводит к перекодировке.
К примеру не все знают, что блурай диск не имеет стандарта 1080р 25к/с только 1080i 25к/с или 1080р 24к/с
Здесь есть таблица почитайте что бы избежать этих ошибок.
От себя хочу добавить, что двд в формате 576р 25к/с энкор не перекодирует.