Как я понял и прочитанного в мануале от Шувалова, что у вас потерялась синхронизация в при импорте в лемони + лемони отвратительно рендрит сам саб, и я сам часто встречал ошибки в XML файле.
Мой совет лучше воспользоваться easySUP. В большинстве случаев результат изиСАП лучше чем лемони, но это только касается BDN+XML субтитров.